Спуститься в гравитационный колодец - не значит приземлиться, а значит быть захваченным телом, то есть выйти на его орбиту. Сев на Фобос аппарат будет вращаться с ним вокруг Марса, а значит будет в гравитационном колодце Марса.

Разница в дельта V на Марс и Землю - это пару десятков процентов навскидку, это не в разы